A partire dalla fine degli anni ottanta, le sue condizioni peggiorarono: già affetta da artrite reumatoide, che la costrinse a un primo ricovero nel 1983, ebbe un infarto nel 1989, per la qual cosa le fu applicato un pacemaker. Si dimise da superiora dell’Ordine ma in seguito a un ballottaggio fu rieletta praticamente all’unanimità, contando solo qualche voto astenuto. Accettò il risultato e rimase alla guida della congregazione.
Nel 1991 si ammalò di polmonite, nel 1992 ebbe nuovi problemi cardiaci e l’anno successivo contrasse la malaria. Nell’aprile del 1996 Madre Teresa cadde e si ruppe la clavicola. Il 13 marzo 1997 lasciò definitivamente la guida delle Missionarie della carità, alla cui guida subentrò suor Nimala Joshi. A marzo incontrò papa Giovanni Paolo II per l’ultima volta, prima di rientrare a Calcutta dove morì il 5 Settembre seguente, all’età di 87 anni. Con una deroga speciale Giovanni Paolo II fece aprire il processo di beatificazione a soli due anni dalla sua morte. La procedura si concluse nell’estate del 2003 e la proclamazione avvenne il 19 Ottobre successivo.
L’arcidiocesi di Calcutta aprì il processo per la canonizzazione già nel 2005. Il 17 dicembre 2015 Papa Francesco ha promulgato il decreto circa il miracolo attribuito all’intercessione della beata Teresa di Calcutta, ultimo passo richiesto per la sua canonizzazione e nel concistoro del 15 marzo 2016 ha firmato il decreto di canonizzazione. La canonizzazione è poi avvenuta il 4 settembre successivo.